美格导读|最新微生物领域研究进展

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Nature reviews. Microbiology

标题:Priority effects in microbiome assembly

译名:微生物组组装中的优先效应

作者:Reena Debray 等

时间:2021.8.27

影响因子:60.6

新一代测序技术的进步使微生物组组成在整个系统和微生物组组装过程中的广泛测量成为可能。群落中新物种的建立可能取决于它们到达的顺序和/或时间,这一现象被称为优先效应。文章回顾了优先效应的机制及其在多种环境中微生物群落重要性的证据,包括哺乳动物肠道、植物层际和根际、土壤、淡水和海洋,描述了在复杂微生物群落中直接测试和预测优先效应的方法,并通过重新分析公开的植物和动物微生物组数据集来说明这些方法。

推荐语:预测当前的群落状态何时以及如何影响新到达的微生物类群的成功,对于微生物组的管理至关重要,是维持生态功能和宿主健康的关键。

Journal of hepatology

标题:Intestinal virome and therapeutic potential of bacteriophages in liver disease

译名:肠道病毒组和噬菌体在肝病中的治疗潜力

作者:Cynthia Hsu 等

时间:2021.8.23

影响因子:25.0

人类在肠道中藏有大量微生物,并与其中许多微生物进化出共生关系。一些特定的细菌致病菌与肝脏疾病的发病机制有关。文章总结了与脂肪肝和肝硬化相关的粪便病毒组的变化,描述了噬菌体作为肝脏疾病的一种新治疗方法靶向特定细菌病原菌的潜力,并描述临床应用面临的挑战。

推荐语:筛选目标肠道细菌的存在和足够丰度,并测试目标细菌对噬菌体的敏感性,这种个性化疗法,能与噬菌体的精确执行相结合。

Nature communications

标题:Genome-scale target identification inEscherichia colifor high-titer production of free fatty acids

译名:在大肠杆菌中高滴度生产游离脂肪酸的基因组规模目标鉴定

作者:Lixia Fang 等

时间:2021.8.17

影响因子:14.9

研究利用CRISPR干扰和组学分析,系统地鉴定可被工程化以促进大肠杆菌中游离脂肪酸(FFAs)产生的有益基因。CRISPRi介导的遗传干扰能够从108个与FFA代谢相关的靶点中识别出30个有益基因,对FFA高产菌株和对照菌株的组学分析能够识别另外26个似乎与FFA代谢无关的有益基因。涉及细胞应激反应的四个有益基因的组合干扰导致重组菌株产生FFAs。

推荐语:研究有助于重组细胞代谢和细胞内过程,以促进生物化学物质的高滴度生产。

Cell host & microbe

标题:Quantifying rapid bacterial evolution and transmission within the mouse intestine

译名:量化细菌在小鼠肠道内的快速进化和传播

作者:Kimberly S. Vasquez 等

时间:2021.9.1

影响因子:21.0

研究人员将数百株条形码大肠杆菌菌株引入无菌小鼠,并量化菌株水平动态和宏基因组变化。参与运动和代谢产物利用的基因突变可在几天内重复选择。对数百个分离物的全基因组测序显示了证明宿主间传播的连锁等位基因。一个群体遗传学模型预测某些突变体具有显著的适应性优势,而迁移是其中的原因。

推荐语:研究强调了肠道微生物群进化过程中环境传播和快速、确定性选择之间的相互作用。

Cell host & microbe

标题:A bacterial bile acid metabolite modulates T activity through the nuclear hormone receptor NR4A1

译名:细菌胆汁酸代谢物通过核激素受体NR4A1调节T活性

作者:Wei Li 等

时间:2021.8.12

影响因子:21.0

胆汁酸代谢物异别石胆酸(isoalloLCA)通过促进Foxp3启动子区域中允许染色质结构的形成,增强抗炎调节性T细胞的分化。研究鉴定了从3-氧代乙酰胆酸合成isoalloLCA的肠道细菌,并发现了一个基因簇,该基因簇负责丰富的人类肠道类杆菌门成员的转化。核激素受体NR4A1是isoalloLCA对T细胞作用所必需的。此外,在炎症性肠病患者中,isoalloLCA及其生物合成基因的水平显著降低,这表明isoalloLCA及其细菌产生者可能在维持人体免疫稳态中发挥关键作用。

推荐语:研究表明,特异性的共生细菌可能通过宿主衍生化合物的化学修饰来介导宿主的免疫耐受。

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